伊斯兰教 柯尔克孜族绝大部分人信仰伊斯兰教。但分布在不同地区的柯尔克孜族，其中少数人在宗教信仰方面也有所不同。

　　柯尔克孜族信仰伊斯兰教逊尼派的哈纳菲派。礼拜寺是教徒活动的主要场所。礼拜寺多灵敏建在城市，农村次之，牧区很少。教规五功：“念功”、“拜功”、“课功”、“斋功”、“朝功”。念功即时时怀念圣主，信奉安拉、天使；拜功有聚拜、日拜。聚拜即每周星斯五（主麻日）清真寺集体礼拜，日拜每日5次，拜时要而向“天房”；课功原义是施舍，后来逐渐演变成了宗教税；斋功即在斋月内从黎明至日落斋成禁食；朝功好到麦加朝觐，凡是身体健康的穆斯森，不分性别，一生至少要去朝拜一次。

　　藏传佛教 藏传佛教——喇嘛教对柯尔克孜族的影响较早。在深山以狩猎为生的柯尔克孜族基本上都信仰喇嘛教，他们对死者实行天葬。

　　萨满教 是柯尔克孜族最早信奉的原始宗教。

　　现在黑龙江省富裕县的柯尔克孜族承袭了对萨满教的信仰。祭祀、治病、丧葬等要请萨满跳神。几乎每个家里都在墙壁洞里供奉用布剪成的蛇形萨满神像。在其他柯尔克孜族地区也仍然保留着某些萨满教的习俗，如不吹灯，让其自行熄灭，这是萨满教崇拜火的习俗。